În anul 1401, după aproape jumătate de secol de la înfiinţarea Ţării Moldovei, Patriarhia Ecumenică de la Constantinopol îl recunoaşte pe Iosif Muşat ca mitropolit canonic al Moldovei. Jurisdicţia canonică a acestuia se extindea asupra întregului teritoriu al vechii Moldove, adică de la crestele Carpaţilor până la Nistru, transmite Știri.md cu referire la tvrmoldova.md.

În Evul Mediu, din punct de vedere administrativ-bisericesc, populaţia din stânga Prutului era cuprinsă în două structuri administrative ale Mitropoliei Moldovei: credincioşii din partea de nord se aflau sub jurisdicţia directă a Mitropoliei Moldovei, iar ţinuturile din partea centrală şi de sud se aflau sub jurisdicţia Episcopia de Huşi, înfiinţată în 1598.

Totul s-a menținut până la războiul ruso-turc din 1806-1812, în urma căruia Imperiul ţarist ocupă teritoriul dintre Prut şi Nistru, botezându-l impropriu - Basarabia. Prin încălcarea vechilor canoane bisericeşti, care interzic extinderea ocupaţiei politice şi militare asupra structurilor bisericeşti, în 1813, Sinodul Bisericii Ortodoxe Ruse, înfiinţează pe teritoriul ocupat dintre Prut şi Nistru Arhiepiscopia Chişinăului şi Hotinului.

Astfel, Mitropolia Moldovei a fost lipsită de jurisdicția canonică asupra teritoriului dintre Prut și Nistru. Cu excepţia mitropolitului Gavriil Bănulescu-Bodoni, în fruntea noii structuri bisericeşti au fost numiţi doar ierarhi ruşi, străini de limba, tradiţiile şi obiceiurile băştinaşilor.

Iar după mai bine de o sută de ani de la ocupația țaristă, clerul și mirenii din Basarabia s-au convocat într-un congres extraordinar, în aprilie 1917, și au cerut autonomie bisericească și alegerea unui ierarh băștinaș, care trebuia să cunoască limba română.

Astfel, după unirea Basarabiei cu România și retragerea ierarhilor ruși din Basarabia, Biserica Ortodoxă Română recunoaşte clerului şi mirenilor din Basarabia dreptul de a-şi alege ierarhul din sânul lor. În februarie 1920, arhiereul Gurie Grosu, un ierarh local, este ales arhiepiscop al Chişinăului şi Hotinului. În 1925, Arhiepiscopia Chişinăului şi Hotinului a fost ridicată la treapta de Mitropolie, iar Gurie Grosu, în 1928, este ridicat la rangul de mitropolit al Basarabiei.

După ce Basarabia este ocupată de Uniunea Sovietică, sovieticii desfiinţează Mitropolia Basarabiei şi trec biserica din reînfiinţata RSS Moldovenească sub jurisdicţia Patriarhiei Ruse. Iar după ce Republica Moldova își proclamă independența față de Moscova, la data de 14 septembrie 1992, Adunarea Eparhială, constituită la Chişinău, reactivează Mitropolia Basarabiei, locţiitor de mitropolit fiind numit Episcopul de Bălţi Petru.

Pe 19 decembrie 1992, la rugămintea Adunării Eparhiale, Sfântul Sinod al BOR binecuvântează reactivarea Mitropoliei Basarabiei şi revenirea ei sub jurisdicţia canonică a Patriarhiei Române. Cu această ocazie, pe 20 decembrie a fost oficiată şi o slujbă divină.

Pe 19 mai 1993, într-o scrisoare adresată Patriarhului rus Alexei al II-lea, Preafericitul Părinte Teoctist argumenta istoric şi canonic decizia Sinodului Bisericii Române.

Doar că, timp îndelungat, autorităţile de la Chişinău au refuzat să înregistreze Mitropolia Basarabiei. În 1998, Mitropolia Basarabiei se adresează la CEDO, fiind reprezentată de fostul deputat creştin-democrat Vlad Cubreacov.

Pe 13 decembrie 2001, Curtea Europeană pentru Drepturile Omului condamnă Republica Moldova, iar pe 30 iulie 2002, autorităţile comuniste de la Chişinău se văd obligate să admită în legalitate Mitropolia Basarabiei.